東日本大震災に関し，被災者生活再建支援法が適用された地域に所在し，かつ，調整割合が適用される不動産（土地及び建物）の所有権の移転等の登記を申請される場合には，その不動産（土地及び建物）が所在する市区町村が固定資産課税台帳の価格を改定するまでの間は，調整割合を用いて計算した額をもってその不動産（土地及び建物）の課税標準とする取扱いとしているところですが，東日本大震災の影響により，市区町村によっては，固定資産課税台帳の価格の改定の作業が遅れ，本年４月１日以降において，本年１月１日現在の固定資産課税台帳に登録された価格のない不動産（土地及び建物）が生ずる見込みです。
調整割合に基づく特別措置については，こちらをご覧ください。
このような本年１月１日現在の固定資産課税台帳に登録された価格のない不動産（土地及び建物）についての所有権の移転等の登記における平成２４年４月１日以降の登録免許税の課税標準の取扱いにつきましては，該当の市区町村による固定資産課税台帳の価格の改定が行われるまでの間は，平成２３年１月１日現在の固定資産課税台帳に登録された価格に調整割合を乗ずることによって得られた額を課税標準とする取扱いを継続することとします。
また，東日本大震災に伴う原子力発電所の事故に関し，警戒区域，計画的避難準備区域又は緊急時避難準備区域に指定された区域内に所在する不動産（土地及び建物）についても，これらの指定が解除され，又は区域の再編がされた場合に関わらず，本年４月１日以降，該当の市町村による固定資産課税台帳の価格の改定が行われるまでの間は，同様に，平成２３年１月１日現在の固定資産課税台帳に登録された価格に調整割合を乗ずることによって得られた額を課税標準とする取扱いを継続することとします。
なお，該当の市区町村による固定資産課税台帳の価格の改定が本年４月１日以降に本年１月１日付けをもって行われた場合において，上記の継続することとした取扱いに基づいて納付した登録免許税の額が，当該改定後の固定資産課税台帳の価格を課税標準として算出した登録免許税の額に比べて高額となる場合には，過大納付があったものとして取り扱うこととなり，その過大納付分については，申請人の方による還付通知の請求を要することなく，登記官が税務署長に対して還付通知を行うこととなります （注）。
（注）同様に算出した額が低額となる場合であっても，過少納付となることはありません。
※ 東日本大震災に関し，被災者生活再建支援法が適用された地域に該当する市区町村における固定資産課税台帳の価格の改定の時期等につきましては，それぞれの市区町村にお問合せください。